Toda la Reserva se encuentra claramente en zona de clima mediterráneo, por lo que las características fundamentales de este tipo de clima se manifiestan en todo el territorio.

El ciclo anual comienza con un otoño templado, donde a medida que avanza la estación las precipitaciones se hacen frecuentes. Ya en diciembre, con la entrada del invierno, llegan los meses más fríos, enero y febrero, que junto con marzo, también suelen ser los más lluviosos, y por ello, donde se presentan las nevadas. A partir de entonces, con la llegada de la primavera las temperaturas suben e igualmente se van haciendo menos frecuentes y abundantes las lluvias. El verano, prácticamente seco, alcanza su máxima expresión en los meses de julio y agosto, los más cálidos.

Sin embargo, y bajo esta situación general de clima mediterráneo, la confluencia de tres factores fundamentales, como son la situación latitudinal de la zona, la influencia de los cercanos Mar Mediterráneo y Océano Atlántico, y el fuerte gradiente de altitud que se da en las sierras, posibilita que este tipo de clima se manifieste en muchas de sus diversas variaciones, atendiendo sobre todo a las temperaturas a lo largo del año y la abundancia de las precipitaciones.

En la primera cuestión, es decir, las temperaturas, la altitud y la mayor o menor influencia del mar provocan diferencias palpables entre las distintas zonas. En el área sur de la Reserva, la más cercana a la Costa el Sol, así como el área abierta hacia el valle del Guadalhorce, la poca altitud y el efecto estabilizador del mar producen una suavidad en las temperaturas que lleva a disfrutar de inviernos más suaves y veranos no excesivamente calurosos. Por otro lado se encuentran las zonas norte y noroeste, en las que aunque la altitud aún no es mucha, la barrera montañosa que crean las sierra no permiten la llegada de la influencia marina, por lo que existe un marcado efecto continental que lleva a que se presenten inviernos más crudos, incluso con heladas en los meses más fríos, y veranos calurosos. Por último, en la zona central de la Reserva, donde están los grandes macizos montañosos, el efecto de la altitud es el dominante y a él se une también la continentalidad. Por ello los inviernos son duros, con medias que no pasan los 10º, y son frecuentes las nevadas heladas y ventiscas. Los días de verano por su parte suelen ser calurosos, debido a la alta radiación solar, aunque durante las noches refresca bastante.

Centrándose en las precipitaciones, los principales factores condicionantes son la orientación y de nuevo la altitud. Aunque la distribución a lo largo del año es muy irregular, puede considerarse, en cuanto a las cantidades de precipitación, toda la zona como lluviosa. Esto es motivado porque los frentes atlánticos que penetran por el oeste desde el cercano estrecho de Gibraltar, apenas ha encontrado hasta llegar aquí altitudes que les hagan descargar en lluvia su gran humedad. Por ello, en las laderas y cumbres de la parte occidental de la Reserva es donde se alcanzan los mayores registros pluviométricos, siendo éstos menores a medida que atravesamos la comarca hacia el este. Así los valores de precipitación media anual oscilan entre los más de 1.800 l/m2 que se alcanzan en las zonas cercanas al Torrecilla y los algo más de 600 l/m2 de las zonas más bajas de la campiña de Guaro.